SMA Negeri 1 Ngaglik bekerja sama dengan UPT Pusat Kesehatan Masyarakat Ngaglik II dalam memberikan pelayanan kesehatan kepada seluruh warga sekolah. Kerjasama ini bertujuan untuk meningkatkan akses dan kualitas pelayanan kesehatan pada peserta didik, meningkatkan kemampuan hidup bersih dan sehat, derajat kesehatan dan menciptakan lingkungan yang sehat sehingga memungkinkan pertumbuhan dan perkembangan yang harmonis yang optimal. Selain itu, kerja sama ini dapat menjadikan Puskesmas dan Sekolah sebagai sarana pembinaan, promosi kesehatan, konseling, pendidikan keterampilan hidup bersih dan sehat, pelayanan kesehatan serta rujukan bagi peserta didik.
Pelayanan kesehatan dari Puskesmas Ngaglik II telah terlaksana di SMA Negeri 1 Ngaglik selama dua hari pada hari Selasa – Rabu, 5 – 6 Maret 2024. Pelayanan kesehatan ini mencakup screening kesehatan mental, pemeriksaan gula darah, tekanan darah, dll. Screening kesehatan ini diikuti seluruh warga SMA Negeri 1 Ngaglik.